Présentation du Blog

Le thème de ce Blog est l’exposé de tentatives pour trouver un langage précis apte à faire de la Biologie une Science prédictive.

Certes, les phénomènes biologiques sont décrits en termes assez précis pour qu’un biologiste comprenne ce qu’un autre lui dit, ou répète des expériences décrites par un autre. Mais le langage utilisé demeure le langage ordinaire, dans lequel on ne dispose pas d’une procédure d’inférence adéquate permettant de passer d’un état de connaissances à un autre, alors même que nous percevons l’inéluctabilité de ce passage.

Une analogie fera mieux comprendre le propos : les hommes ont toujours su lancer une pierre en vue d’atteindre une cible, et ont assez bien réussi à se transmettre une telle connaissance grâce au langage. Mais depuis que la Mécanique a donné du mouvement des masses la description que l’on connait, on sait parfaitement  que si la pierre a telle masse, telle vitesse initiale…….alors elle atteindra la cible a tel moment de sa course. Et on n’ a plus besoin de se livrer a un long apprentissage lorsqu’on souhaite atteindre une cible.

De la même façon, tout biologiste est convaincu que si telle molécule peptidique est introduite dans une souris dans telle et telle condition, alors il trouvera des anticorps spécifiques du peptide dans le sang de celle-ci quelques jours après.

Mais la connaissance de ce passage d’un état 1 (souris naïve) à un état 2 (souris immunisée) reste une connaissance empirique, alors même qu’il est perçu comme inéluctable. Aucune procédure inférentielle théorique ne permet d’extraire la description de l’état 2 de celle de l’état 1.

Est-il possible d’élaborer une telle procédure formelle?

Il n’est pas certain que la réponse à cette question soit : oui.

Mais si elle l’était, il est fortement probable que cela nous oblige à décrire les phénomènes biologiques dans un langage autre que le langage ordinaire. Sans doute un langage formel proche de celui qu’utilisent les mathématiciens.

Le langage de la Théorie des Catégories m’est apparu comme un candidat raisonnablement adapté à une telle tâche .

Cette théorie a été développée pour les besoins de la Géométrie Algébrique et est d’abord apparue comme étant d’une abstraction extrême au point d’être qualifiée de « non-sense » par certains.

Mais en dépit de cette réputation, elle a trouvé des adeptes dans d’autres sphères scientifiques comme le monde de l’Informatique où sont abordées des questions beaucoup plus « terre à terre », et elle est aujourd’hui assez largement utilisée pour décrire des situations qui ne sont pas très éloignées des pratiques de laboratoire.

Il n’en demeure pas moins que l’accès à cette théorie n’est pas aisé, surtout parce qu’elle est essentiellement exposée par des mathématiciens professionnels dont les préoccupations ne sont pas coutumières du lecteur non mathématicien.

Dans un premier temps, je donnerais, sous forme d’articles, un exposé des différentes notions de cette théorie sous une forme délibérément « visuelle » qui en facilite (j’espère !) la compréhension. Il ne s’agit pas d’un cours. Il n’ y a pas d »exercices. Il s’agit seulement de rendre les notions de base de cette théorie rapidement et simplement accessibles. 

Dans un second temps,  je ferais compte rendu des tentatives d’élaboration d’un langage biologique formel utilisant la Théorie des Catégories.

Il ne s’agit pas d’une application de la théorie, mais plutôt d‘un remodelage de certains concepts de la Biologie, et il se trouve que les nouveaux concepts sont bien « captés » par le langage de cette théorie.

Jean Louis STACH

 

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